La novela relata la existencia de cuatro hermanos, desde su infancia en un pueblo gallego costero, Vilaponte, hasta su senectud y declive; también la de otros personajes igualmente importantes, el Amigo íntimo desde la niñez de Justo Pastor Blanco, o Humberto Rey, el marinero amigo de Justo que llega al pueblo ya en su madurez para abrir una librería, el sastre Nicanor Corbelle y sus dos hijas…

El gran protagonista, Justo, permanece siempre en un velado segundo plano, pero omnipresente; es un niño que en un violento juego infantil callejero pierde un ojo a la edad de diez años aproximadamente, y desde entonces desarrolla unas extraordinarias dotes adivinatorias y comienza a influir poderosamente en todos los que le rodean. Tiene tres hermanas: Áurea, de cabello rubio, Argenta, de melena casi albina, y Cobre, pelirroja.

Justo Pastor Blanco, el protagonista en la sombre de la novela, desde que perdió el ojo su existencia se trastoca: se convierte en un vidente capaz de anticipar el futuro. Todas las personas de su entorno, su familia, y sobre todo su Amigo (nuestro protagonista Anónimo), dependen emocionalmente de él en buena medida, y esto seguirá siendo así después de su marcha en su primera juventud, ejerciendo esa “autoridad” desde la distancia. Pero hay otro personaje, que al principio es oscuro y parece secundario, y que solo al final de la novela desvelará su auténtica importancia: el sastre ciego Nicanor Corbelle, un hombre que fascina a Justo y a su Amigo, en cuyo taller, sumido casi en la oscuridad, puesto que el sastre es ciego y no precisa la luz, pasaran largos horas de infancia, escuchando estremecidos los relatos y enseñanzas de ese “mentor”, y fascinados por las dos ascuas que brillan en la oscuridad del fondo del taller, calentando la plancha usada para alisar la ropa, que semejan dos ojos brillantes y eternamente vigilantes.

El Amigo, unido por un estrecho vínculo afectivo con Justo, fue su cómplice en todas las aventuras infantiles, su eterno compañero, y en cierta forma su discípulo. Su pérdida, cuando Justo decide abandonar el pueblo y vivir su destino, le dejo huérfano y desolado. Su amor secreto y apasionado por Argenta, que en su torpeza fue incapaz de advertir que era correspondido, acaba de forjar su carácter retraído y misantrópico. Marcha a Madrid, estudia derecho y acaba convirtiéndose en catedrático, pero a pesar de su residencia de décadas su vida no acaba de arraigar en la capital, y regresa siempre que puede a Vilaponte, a cultivar su melancólica añoranza de Justo, el deseado, esperando eternamente su regreso triunfante que vuelva a hacer florecer su existencia, y también su adoración callada por Argenta, a la que ama a distancia. Desaparecida su casa familiar, toma un piso, donde guarda sus libros –tanto Justo como él fueron niños de vastas lecturas- y que se convierte en su refugio. Tras su jubilación se instala en Vilaponte permanentemente y, ante su sorpresa, al reanudar su contacto con Argéntea, esta se echa en sus brazos con un amor apasionado, enardecido por el tiempo perdido, que la mujer intenta recuperar con ansia desmedida. Acabarán casándose y formando una pareja  estable hasta el final. Pero su amor, a los sesenta cumplidos, es un amor crepuscular, que debe superar las rutinas propias arraigadas de cada uno, lo que se logra fundamentalmente por al amor y comprensión ilimitados de Argenta.

Humberto Rey, otro personaje clave que veremos más adelante llega a Vilaponte y monta una librería. Con el tiempo reanuda una relación amorosa con Cobre y –forman con Argenta y el Amigo una armoniosa doble pareja. Ambas parejas deciden emprender el viaje definitivo de su existencia. Humberto Rey traspasa la librería y todas sus propiedades e involucra a su mujer, su cuñada y al Amigo, en un viaje de carácter casi “iniciático”, cuyo destino final indisimulado es reencontrar al perdido Justo. En el viejo taxi de Argenta recorren toda la cornisa cantábrica, se reencuentran en Bilbao con la otra hermana, Áurea, avejentada y muda, a quien deciden que se llevarán consigo a su regreso a Vilaponte. Cruzan la frontera y viajan hacia el norte, por la fachada atlántica hasta Bretaña. Allí, en una pequeña población enclavada en una isla cercana a la costa, Belle Ile en Mer, un lugar de reminiscencias medievales, son acogidos –guiados por Humberto- en una magnífico caserón que habitan dos hermanas gemelas, dos casi ancianas, como lo son ellos. En ese entorno se produce la revelación final. Una revelación final relacionada con la existencia del mismo Demonio que hará que el Amigo se libere y huya por fin de Justo Pastor y de su pasado ligado a él para vivir el resto de su vida con Argenta. El Amigo consigue, por fin, pasar página.

Nuestro Amigo Anónimo y Argenta regresarán a Vilaponte, después de recoger a Áurea en Bilbao, y allí iniciarán con sosiego y amor el último tramo de sus existencias, alejado por fin de Justo Pastor, y de toda la parafernalia onírica y demoníaca que hasta ahora les había acompañado.

Es una novela de afectos jóvenes, de muchachos de pueblo, que transitan una vida entera, en donde se afianza el amor imperecedero que se consolida apasionadamente entre dos sexagenarios que se amaron desde siempre. La pasión por los libros es un santo y seña de El libro de Jonás.

El famoso escritor Leonardo del Río, romántico y taciturno, se encuentra a sí mismo en la víspera de cumplir 80 años ante la página en blanco de la que será su última novela, encargada por su editor. Leonardo ha concretado todas las nostalgias de su vida en una conversación olvidada que mantuvo una Semana Santa de hace más de sesenta años en su pueblo con sus amigos de la infancia, a los que olvidó como lo olvidó todo de aquella vida pueblerina y sin cuyo recuerdo, se dice, no podrá empezar la obra. Las únicas personas con las que habla son Amanda, la biógrafa que la editorial le impuso hace años, y que trata de animarlo a escribir mientras lucha por aclarar sus propios sentimientos hacia él, y Ricardo, un periodista deslumbrado por el viejo maestro y enamorado de Amanda, que acude cada jueves a visitarlo con la esperanza de descubrir su mayor secreto: la verdad sobre la pérdida de un amor en París hace ya cuarenta años.